AD星形胶质细胞与小胶质细胞的snRNA-seq数据分析 Diverse human astrocyte and microglial transcriptional responses to Alzheimer’s pathology Acta Neuropathologica (2022) 143:75–91 IF=17 https://doi.org/10.1007/s00401-021-02372-6 1、测序样本 24个样本：AD与NDC的EC(entorhinal)与SSC(somatosensory) cortical region(2×2×6) 使用Immunohistochemistry量化每个样本的p-Tau与Amyloid-beta指标 ...
Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer’s Disease Cell. 2020 Aug 20 | IF=41.5 DOI: 10.1016/j.cell.2020.06.038 这是关于AD的第一次空间转录组学的相关研究。如下为该文章中涉及空间转录组分析部分的简要笔记，具体可参看原文。 ...
题目：Defining cellular population dynamics at single-cell resolution during prostate cancer progression 期刊 | 日期 ：eLife | November 2022 DOI：https://doi.org/10.7554/eLife.79076 ...
题目：hECA: The cell-centric assembly of a cell atlas 期刊 | 日期：iScience | May 20, 2022 DOI：https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.104318 ...
题目：Meta-Analysis of Human Cancer Single-Cell RNA-Seq Datasets Using the IMMUcan Database 期刊/时间：Cancer Research / February 1, 2023 DOI：doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-22-0074 简介：来自法国巴黎圣路易斯研究所的研究团队建立了一个综合肿瘤微环境数据库平台(IMMUcan，https://immucanscdb.vital-it.ch)。该平台基于大量的单细胞数据收集与整合分析，为挖掘肿瘤免疫微环境单细胞特点提供了便捷的工具。 ...
题目：The landscape of immune dysregulation in Crohn’s disease revealed through single-cell transcriptomic profiling in the ileum and colon 期刊 | 时间：Immunity | January 30, 2023 DOI：https://doi.org/10.1016/j.immuni.2023.01.002 ...
A single-cell analysis of breast cancer cell lines to study tumour heterogeneity and drug response Nature Communications | 31 March 2022 DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-022-29358-6 这篇文章对来自32个乳腺癌细胞系的35276个细胞进行了单细胞转录组测序(Drop-seq)，数据已上传到 GSE173634。文章具体内容主要是针对测序结果，从多个角度展开衍生的分析。 ...
A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers NatGenet. 2021 September 1、scRNAseq测序样本 文章对26个乳腺癌样本进行了单细胞测序，包括11 ER+，5 HER2+，10 TNBC。 对质控得到的130246个细胞根据marker基因注释为8种主要的细胞类型。 ...
Comprehensive analysis of spatial architecture in primary liver cancer Sci Adv. 2021 Dec 17 Doi: 10.1126/sciadv.abg3750. 简单摘要: 这是一篇资源型的文章，应该是第一篇较大规模的肝癌空间转录组测序文献。基于ST的所包含的空间信息，本文进行多种新颖的分析思路，例如leading-edge section区域的特征，空间相邻的细胞通讯分析，肿瘤中心与四周的通路表达差异等。文章分析的角度涉及很多方面，但具体每个角度来说大多以数据分析结果描述为主。 ...
题目：Single-cell analyses of renal cell cancers reveal insights into tumor microenvironment, cell of origin, and therapy response 期刊 | 日期：PNAS | May 5, 2021 DOI：https://doi.org/10.1073/pnas.2103240118 ...