文献-挖掘

文献--挖掘AD单细胞数据分析NK浸润

Expression of Immune Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Alzheimer’s Disease doi: 10.3389/fimmu.2021.768966 05 November 2021 核心结论：AD病人外周血中的NK细胞浸润到大脑中参与AD病理过程的免疫反应。 ...

文献--基于肝细胞癌M2样肿瘤巨噬细胞建立预后模型

文章题目：M2-like tumor-associated macrophage-related biomarkers to construct a novel prognostic signature, reveal the immune landscape, and screen drugs in hepatocellular carcinoma 发表期刊及日期：Front Immunol， 2022 Sep 13 DOI：10.3389/fimmu.2022.994019 ...

文献--椎间盘退行性疾病bulk与scRNA-seq数据挖掘

文章题目：Revealing the Key MSCs Niches and Pathogenic Genes in Influencing CEP Homeostasis: A Conjoint Analysis of Single-Cell and WGCNA 杂志/日期：Front. Immunol. / 27 June 2022 DOI：10.3389/fimmu.2022.933721 ...

文献--小鼠缺血性中风单细胞数据分析

题目：Single-cell RNA-seq reveals the transcriptional landscape in ischemic stroke 期刊/日期：ournal of Cerebral Blood Flow & Metabolism / 24 May 2021 DOI：10.1177/0271678X211026770 ...

文献--WGCNA发现的卵巢癌肿瘤相关成纤维细胞的预后模型

题目： Integrative Analysis From Multicenter Studies Identifies a WGCNA-Derived Cancer-Associated Fibroblast Signature for Ovarian Cancer 期刊 | 日期： https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.951582 | 06 June 2022 概述：发现6个基因（COL16A1, COL5A2, GREM1, LUM, SRPX, TIMP3）组成的卵巢癌肿瘤相关成纤维细胞相关的signature ...

文献-数据挖掘-肾癌与凝血相关基因

题目: Integrated analysis to identify the prognostic and immunotherapeutic roles of coagulation-associated gene signature in clear cell renal cell carcinoma 期刊 | 日期：Frontiers in Immunology | 17 March 2023 DOI：https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1107419 ...

文献-数据挖掘-肺腺癌相关基因对

题目：BTG2 and SerpinB5, a novel gene pair to evaluate the prognosis of lung adenocarcinoma 期刊 | 日期：Frontiers in Immunology | 17 March 2023 DOI：https://doi.org/10.3389/fimmu.2023.1098700 ...

文献--综合多种分析建立TNBC预后模型

A network approach reveals driver genes associated with survival of patients with triple-negative breast cancer April 19, 2021; IF=5.4 https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.102451 ...

文献--四逆散与非酒精性脂肪肝网药分析

Network Pharmacology-Based Analysis on the Potential Biological Mechanisms of Sinisan Against Non-Alcoholic Fatty Liver Disease（四逆散–非酒精性脂肪肝） 27 August 2021 Front Pharmacol, IF=5.8 DOI: 10.3389/fphar.2021.693701 分析思路文章的流程图 1、数据收集 1.1 TCM数据四味中药：柴胡、白芍、枳实、甘草 ...

文献--生信套路之肿瘤预后

【01】ccRCC与免疫浸润标题：Landscape of immune cell infiltration in clear cell renal cell carcinoma to aid immunotherapy 期刊|日期：Cancer Science | 13 March 2021 1 第一次分亚群 TCGA 525样本（TPM） 29个 imunne signature：16 免疫细胞与13个免疫相关功能使用ssGSEA方法计算每个样本的signature score 基于signature score，使用ConsensuClusterPlus包分得5个亚群 PCA可视化轮廓 PD-1与PD-L1表达差异 C1+C4与C2+C3+C5间生存差异 2 第二次分亚群两大组之间（C1+C4与C2+C3+C5）进行差异分析，得到658个差异基因基于上述差异基因，再次使用ConsensuClusterPlus包重新分成3个亚群 PCA可视化轮廓 PD-1与PD-L1表达差异三组间生存分析 29种signature score在三组间的分布差异 immune score与stromal score在三组间的分布差异（ESTIMATE）根据与分组的相关性，将上述差异基因分成signature A/B 通路富集分析 3 TII分数及衍生分析分别计算signatue A/B的第一主成分之和，然后相减作为每个样本的TII score 根据survmier包计算最佳阈值划分成high与low score两组，并进行一系列后续分析：（1）生存分析 ...