单细胞分析工具--多样本批次校正
当分析多个样本的单细胞数据集时，其中重要的一步是判断并校正潜在的批次效应。如下简单学习两种单细胞批次效应分析方法，分别基于Seurat与ha...
scRNA-seq
单细胞分析工具--SingleCellExperiment对象格式
SingleCellExperiment是通过SingleCellExperiment包创建的单细胞数据分析对象，已有几十个单细胞R包支持。...
单细胞分析工具--infercnv拷贝数变异鉴定
inferCNV包可根据肿瘤组织相关的单细胞表达数据，推测肿瘤细胞的拷贝数变异情况，从而完成恶性细胞的鉴定。 1 2 3 BiocManager::install("infercnv") library(infercnv) # 暂时在window安...
单细胞分析工具--scanpy基础用法(anndata,loom格式)
scanpy是单细胞数据分析的python工具包，将数据以Anndata对象的格式进行储存。如下将学习Anndata对象操作以及scanpy...
单细胞分析工具--SingleR细胞类型注释
SingleR包是在单细胞数据分析时用于细胞类型自动注释的常用工具。其基本原理是使用已有细胞标签的参考转录组数据集的表达谱，基于相似性原则注...
单细胞分析工具--RNAvelocity速率分析
RNA velocity(RNA速率)分析是基于单细胞转录组测序数据分析细胞发育状态动力学的方法。简单来说，该模型根据测序read片段属于unsp...
单细胞分析工具--CytoTRACE轨迹分析
CytoTRACE是根据单细胞表达矩阵推断细胞分化轨迹的工具，目前提供网页端与R包两种形式。如下。简单学习其R包用法。 官方手册：https:...
单细胞分析工具--cellphonedb细胞通讯分析
cellphonedb是基于配受体对表达水平，分析单细胞数据中不同细胞类型间相互作用的Python工具。其于2020年在nature prot...
单细胞分析工具--DoubletFinder识别双细胞
R包DoubletFinder可用于检测基于Droplet单细胞测序技术(10X)的双细胞。如下简单学习识别原理以用法。 原始论文：https...
单细胞分析工具--MAST差异基因分析
MAST，全称Model-based Analysis of Single-cell Transcriptomics，是2015年于Genome Biology发表的R包工具，主要用于单...