差异分析R包-DESeq2+edgeR+limma
在对转录组数据分析时，分组比较的差异分析前提时获得测序表达矩阵。 根据测序技术分为两种，对应的分析R包如下所示。 RNAseq的原始count表...
RNA-seq
TCGAbiolinks包-TCGA数据下载与差异分析
TCGAbiolinks包是一站式分析TCGA数据的R包工具，它集成了TCGA数据下载、分析、可视化的全部流程。此次系列笔记主要跟着 TCGA...
表达矩阵TPM,FPKM标准化
1、计算公式 sample 1 sample 2 …….. sample k Gene 1 10 12 30 Gene 2 20 25 60 …… … … … … Gene n 0 0 … 1 对于(n*k)表达矩阵中k个样本的n个基因的count表达数据。 在任意样...
从GEO下载芯片或RNAseq测序数据
挖掘GEO数据时，主要一方面是下载GEO的测序数据（包括基因芯片array与RNAseq两类）的表达矩阵。同时会涉及到一些细节问题，例如ar...
下载测序数据SRR与fastq.gz方式
1、准备conda环境与软件 1 2 3 4 5 6 7 8 # 准备download环境 conda create -n download conda activate download # 安装软件 conda install -c hcc aspera-cli conda install -c bioconda sra-tools conda install -c conda-forge pigz 以SRR1391...
Refgenie下载参考基因组
refgenie：参考基因组（阿拉丁）商店 http://refgenie.databio.org/ Here we provide a web interface and a RESTful API to access genome assets for popular reference genome assemblies. 该平台由位于弗吉尼亚大学公共卫生基因组学中心的计算生物学和...
WGCNA基因加权共表达网络分析
1、关于WGCNA原理 1.1 建立共表达网络 在基因共表达网络中，节点node代表基因，边edge代表两个基因间共表达关系。 若一个基因同时与多个基因...
xCell与CIBERSORT预测BulkRNAseq细胞组成
xCell xCell包 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 devtools::install_github('dviraran/xCell') library(xCell) data("xCell.data") ##查看支持的64种细胞类型，同下图 colnames(xCell.data$spill$K) ##预测函数的关键参数解释 ?xCellAnalysis() # expr = 交代表达矩阵； ##...
使用IsoformSwitchAnalyzeR包进行可变剪切分析
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/IsoformSwitchAnalyzeR.html 1、背景知识 The usage of Alternative Transcription Start sites (aTSS可选择转录起始位点), Alternative Splicing (AS可选择剪切位点) and alternative Transcription Termination Sites (aTTS可选择终止位点) are collectively collectively results in the production of different...
EnhancedVolcano包绘制火山图
EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自己的理解小结下基本用法。 官...