R可视化

ggplot2包一方面可以实现多种形式的数据可视化、比如箱图、柱状图等；另一方面也可以从多个角度进行美化、修饰。对于前者，之前对ggplot...

参考教程：http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready...

一、ggplot2组图 0、安装包及示例图 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # #install.packages("devtools") # devtools::install_github("thomasp85/patchwork") library(ggplot2) library(patchwork) p1 <- ggplot(mtcars) + geom_point(aes(mpg, disp)) p2 <- ggplot(mtcars) + geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear)) p3 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(gear)) + facet_wrap(~cyl) p4 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(carb)) p5 <- ggplot(mtcars) + geom_violin(aes(cyl, mpg, group...

示例数据 3个基因集列表，为list格式 1 2 3 4 5 genes <- paste0("gene",1:1000) set.seed(20210302) gene_list <- list(A = sample(genes,100), B = sample(genes,200), C = sample(genes,300)) 一、VennDiagram VennDiagram包是绘制韦恩图...

一、ggplot绘制基础箱图 0、示例数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 library(ggplot2) library(patchwork) #组别名最好是字符型；如果是数值类型，最好转为因子化 ToothGrowth$dose = factor(ToothGrowth$dose) summary(ToothGrowth) # len supp dose #...

1、示例数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 library(ggplot2) library(patchwork) library(carData) #示例数据 head(Salaries) #教职工资情况 # rank discipline yrs.since.phd yrs.service sex salary # 1 Prof B 19 18 Male 139750 # 2 Prof B 20 16 Male 173200 # 3 AsstProf B 4 3 Male 79750 #...

1、R中颜色的表示方式 1.1 颜色的名字 R内置了657种颜色的名字可供调用 http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 str(colors()) # chr [1:657] "white" "aliceblue" "antiquewhite" ... head(colors()[1:10]) # [1] "white" "aliceblue" "antiquewhite" # [4] "antiquewhite1" "antiquewhite2" "antiquewhite3" set.seed(111) cols = sample(colors(), 5)...

简单整理两个绘制热图R包的用法，分别是基础的pheatmap包与复杂的ComplexHeatmap包。 pheatmap 1 2 3 4 5 # install.packages("pheatmap") library(pheatmap) packageVersion("pheatmap") # [1] ‘1.0.12...

弦图常用于表示两组或多组成员之间的连接关系。如下简单学习circlize包ChordDiagram()绘制弦图的基础用法 参考教程：https...

桑基图(sankey plot)是一种特定类型的流图，用于描述一组值到另一组值的流向；理论上来表示前一组值与后一组值存在一定的逻辑关系。从泛化...