conda环境下载管理软件、R包
conda开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题。在做生信分析时，感觉就是一个软...
R
R基础配置
1、R镜像设置 （1）临时设置，重启R之后会重置 1 2 3 4 options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/") options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos options()$BioC_mirror （2）通过设置.Rprofile文件永久设置 linux 1 2 3 4 5 6 7 #进入家目录 cd...
R语言的多线程循环语句
在遇到R里的大量循环操作时，可以考虑多线程处理方式，提高分析速度。具体使用方法针对window与linux/mac平台有所区别。相关笔记如下...
R-数据分析-dplyr表格操作
1 2 3 4 5 6 7 8 9 library(tidyverse) # -- Attaching packages ----------------------------------------------------- tidyverse 1.3.1 -- # √ ggplot2 3.3.5 √ purrr 0.3.4 # √ tibble 3.1.2 √ dplyr 1.0.7 # √ tidyr 1.1.3 √ stringr 1.4.0 # √ readr 2.0.0 √ forcats 0.5.1 # -- Conflicts -------------------------------------------------------- tidyverse_conflicts() -- # x dplyr::filter() masks stats::filter() # x dplyr::lag() masks stats::lag() 1、表格筛选 1.1 select...
R-数据分析-reshape2表格长短转换
1 2 library(tidyverse) library(reshape2) 1、matrix 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 set.seed(123) scores_mt = matrix(round(rnorm(40, mean = 80, sd=10)), nrow = 10, ncol = 4, dimnames = list(paste0("Stu",1:10), paste0("Subject-",LETTERS[1:4]))) class(scores_mt) # [1] "matrix" "array" head(scores_mt) # Subject-A Subject-B Subject-C Subject-D # Stu1 74 92 69 84 # Stu2 78 84 78 77 # Stu3 96 84 70...
R语言RSelenium爬虫.md
1、html基础与xpath语法 1.1 html基础 大多数网页内容都是html结构组织的，在我理解就是有众多节点(node)组成的树状结构； 而我们...
基于Rstudio创建R包
总结一下目前学习的，基于Rstudio的创建R包流程。 Part1：创建R包基本流程 step1：建立开发环境 目的是创建一个文件夹，用于储存编写...
R包purrr的函数编程
purrr包是tidyverse系列中用于函数编程的工具，很多用法类似R base的apply系列函数。现参考相关资料，学习其基本用法。 https://jennybc.github.io/purrr-tutorial/index.html https://shixiangwang.github.io/home/cn/post/purrr-loop/ p...
renv包环境可重复性
https://rstudio.github.io/renv 记录一个R项目所需的R包来源及其相应的版本号，方便对于其他用户的可重复性分析。 1. 初始化项目 在当前目录下创建一个文件夹，是包含一个R proj...
Shell_Python_R脚本基础
1、shell脚本 1.1 脚本执行 （1）命令行直接执行 如下示例：脚本第一行设置脚本解释器的路径，如写错或没写，系统会调用默认解释器执行。然后在运行...