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Linux

conda环境下载管理软件、R包

conda开源包管理系统和环境管理系统 ,包括多种语言的包安装,运行,更新,删除,最重要的是可以解决包依赖问题。在做生信分析时,感觉就是一个软...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 2062 | 5 min | Lishensuo

服务器外网文件传输--奶牛快传、阿里云盘

1、奶牛快传 (1) linux服务器安装 https://github.com/Mikubill/cowtransfer-uploader/releases 选择一个最新的linux版本下载(如果wget下载太慢,就下载的本地电脑,再上传到linux) 解压即用 1...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 753 | 2 min | Lishensuo

shell基础--变量名字符串操作

1 2 3 4 5 6 7 8 test="https://www.baidu.com" #打印字符串内容 echo ${test} #https://www.baidu.com #打印字符串长度 echo ${#test} #21 1、截取 (1)指定截取字符串的起始位置与长度 对于字符串的起始位置定义:如果是从...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 531 | 2 min | Lishensuo

shell基础--find查找文件

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 # 第一个参数交待查找路径,默认为当前路径 # -name 参数指定需要查找的文件名,支持正则表达式 find -name '*.txt' find ./dir1/ -name '*.txt' #...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 219 | 1 min | Lishensuo

shell基础--tar.gz相关、gzip压缩与pigz多线程

tar相关 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 #(1) 将多个文件打包为 .tar文件 tar -cvf test.tar dir1 file4 #(2) 将多个文件打包并压缩为 .tar.gz tar -czvf test.tar.gz dir1 file4 #(3) 将 .tar文件拆包 tar -xvf test.tar #(4) 将 ....

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 413 | 1 min | Lishensuo

shell基础--grep等文本处理命令

1、grep 主要功能:查询符合条件的行 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 #返回符合条件的行,可使用正则表达式 who | grep "wuyt" # -n参数:返回符合条件的行,...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 1483 | 3 min | Lishensuo

linux进程管理与后台运行

1、关于CPU与线程 1.1 简单理解进程与线程 进程:计算机执行的一个命令或者程序 线程:一般来说一个进程对应一个线程。但是如果进程任务可以分为若干独...

Create: 2022-05-14 | Update: 2022-05-14 | Words: 1619 | 4 min | Lishensuo

初识slurm基础操作

现阶段在学习深度学习超参数优化过程中涉及到SLURM相关知识。这几天探索了一番,简单记录一下目前简单认识。 SLURM,Simple Linux Utility for Resource M...

Create: 2022-09-10 | Update: 2022-09-10 | Words: 2031 | 5 min | Lishensuo

Snakemake流程搭建

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/tutorial.html https://github.com/snakemake/snakemake 1. 简介 1.1 工具介绍 Snakemake 是一个用于创建可重现、模块化、自动化的工作流管理工具,主要用于处理复杂的数据分析流程;在生物信息学领域中有较多的应用。...

Create: 2024-09-22 | Update: 2024-09-22 | Words: 2451 | 5 min | Lishensuo

在Linux系统里部署Jupyter环境

之前就了解过Jupyter notebook,是调试python代码的简洁、高效软件。现在大致整理下目前学到的在Linux系统里部署Jupyt...

Create: 2022-05-15 | Update: 2022-05-15 | Words: 1947 | 4 min | Lishensuo
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