xCell xCell包 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 devtools::install_github('dviraran/xCell') library(xCell) data("xCell.data") ##查看支持的64种细胞类型，同下图 colnames(xCell.data$spill$K) ##预测函数的关键参数解释 ?xCellAnalysis() # expr = 交代表达矩阵； ##...
ClusterGVis包是中国药科大学Jun Zhang博士开发的系列可视化工具包之一，可以基因表达矩阵进行高级的热图可视化分析。如下根据其g...
MuSiC(MUlti-Subject SIngle Cell deconvolution)是来自宾夕法尼亚大学Biostatistics, Epidemiology and Informatics系的Mingyao Li课题组于2...
RNA-seq数据比对流程主要分为三步（1）整理数据；（2）质控；（3）比对。其中每一步都涉及到若干软件的用法，如下简单整理基本的分析流程。...
ConsensusClusterPlus包是肿瘤分型研究的常用工具，其于2010年发表于Bioinformatics。 Paper：https...
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/IsoformSwitchAnalyzeR.html 1、背景知识 The usage of Alternative Transcription Start sites (aTSS可选择转录起始位点), Alternative Splicing (AS可选择剪切位点) and alternative Transcription Termination Sites (aTTS可选择终止位点) are collectively collectively results in the production of different...
肿瘤预后类文章的常规步骤之一是绘制诺模图，并进行相关分析。以下总结了相关基础绘制工具。 示例数据集 1 2 3 4 5 6 library(survival) head(lung) # inst time status age sex ph.ecog ph.karno pat.karno meal.cal wt.loss # 1 3...
EnhancedVolcano包可根据差异分析结果，基于ggplot2绘图结构，方便地绘制美观的火山图，下面根据自己的理解小结下基本用法。 官...
IOBR包集signature打分与免疫浸润分析为一体的肿瘤数据分析工具，由南方医科大学南方医院廖旺军教授，曾东强博士等人于2021年7月发...
BayesPrism是由美国康奈尔大学Tin Yi Chu等人开发的R包工具，于2022年4月发表在Nature Cancer。简单来说，该方法使用...