差异分析R包-DESeq2+edgeR+limma
在对转录组数据分析时，分组比较的差异分析前提时获得测序表达矩阵。 根据测序技术分为两种，对应的分析R包如下所示。 RNAseq的原始count表...
转录组
TCGAbiolinks包-TCGA数据下载与差异分析
TCGAbiolinks包是一站式分析TCGA数据的R包工具，它集成了TCGA数据下载、分析、可视化的全部流程。此次系列笔记主要跟着 TCGA...
表达矩阵TPM,FPKM标准化
1、计算公式 sample 1 sample 2 …….. sample k Gene 1 10 12 30 Gene 2 20 25 60 …… … … … … Gene n 0 0 … 1 对于(n*k)表达矩阵中k个样本的n个基因的count表达数据。 在任意样...
从GEO下载芯片或RNAseq测序数据
挖掘GEO数据时，主要一方面是下载GEO的测序数据（包括基因芯片array与RNAseq两类）的表达矩阵。同时会涉及到一些细节问题，例如ar...
下载测序数据SRR与fastq.gz方式
1、准备conda环境与软件 1 2 3 4 5 6 7 8 # 准备download环境 conda create -n download conda activate download # 安装软件 conda install -c hcc aspera-cli conda install -c bioconda sra-tools conda install -c conda-forge pigz 以SRR1391...
GSEA富集分析工具
以前通路富集分析直接使用clusterprofiler包，阅读文献发现GSEA分析及可视化较多使用Broad团队研发的工具，现简要学习其(w...
clusterProfiler包富集分析与可视化
1、背景知识 （1）两种富集分析 基于超几何检验的ORA(over representation analysis)富集分析 ① 假设对转录组分组测序的10000个基因表达数据进...
富集通路可视化方式
0、示例数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) data(geneList, package="DOSE") str(geneList) # Named num [1:12495] 4.57 4.51 4.42 4.14 3.88 ... # - attr(*, "names")= chr [1:12495] "4312" "8318" "10874" "55143" ... gene_ids<-AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, keys=as.character(names(gene_list)), columns="SYMBOL", #目标格式 keytype="ENTREZID")...
WGCNA基因加权共表达网络分析
1、关于WGCNA原理 1.1 建立共表达网络 在基因共表达网络中，节点node代表基因，边edge代表两个基因间共表达关系。 若一个基因同时与多个基因...
GSVA包单样本富集分析
1、GSVA函数 1 2 3 4 5 6 7 # BiocManager::install("GSVA") library(GSVA) ?gsva gsva(expr = , #metrix格式表达矩阵(行--基因，列--样本) gset.idx.list = , #list格式基因集 method=c("gsva", "ssgsea", "zscore", "plage"), # defaul:gsva kcdf=c("Gaussian", "Poisson", "none"))...