药物化合物

基因-蛋白-化合物ID转换

1、不同基因ID转换 1.1 org.Hs.eg.db包 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 library(dplyr) library(org.Hs.eg.db) keytypes(org.Hs.eg.db) # [1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID" # [7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL"...

obabel化学小分子格式转换

conda 安装 1 2 3 4 conda install -c conda-forge openbabel obabel # Open Babel 3.1.0 -- Nov 2 2021 -- 08:43:45 查看支持的格式 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 obabel -L # charges # descriptors # fingerprints # forcefields # formats # loaders # ops obabel -L formats | head...

化合物指纹与描述符生成系列工具

1、rdkit 1 2 3 4 5 6 # conda install -c conda-forge rdkit from rdkit import Chem from rdkit.Chem import MACCSkeys from rdkit import DataStructs from rdkit.Chem import Draw 1.1 指纹编码式（1）Topological Fingerprints 1 2 3 4 5 6 7 8 m = Chem.MolFromSmiles('CCOC') # Chem.MolToSmiles(mol) fp...

ChemmineR处理化合物信息的基础工具R包

ChemmineR是使用R语言实现化合物基础操作的工具包，现根据其官方文档学习其主要用法如下： https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.html 1 2 3 4 5 6 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChemmineR") library("ChemmineR") # library("ChemmineOB") 1. SDFset格...