Refgenie下载参考基因组
refgenie:参考基因组(阿拉丁)商店 http://refgenie.databio.org/ Here we provide a web interface and a RESTful API to access genome assets for popular reference genome assemblies. 该平台由位于弗吉尼亚大学公共卫生基因组学中心的计算生物学和...
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1 2 3 4 5 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("STRINGdb") library(STRINGdb) 1、定义要使用的STRING版本、物种,以及PPI阈值分数 1 2 3 4 string_db <- STRINGdb$new(version="11", species=9606, score_threshold=200, input_directory="") 2、示例基因 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12...
1、GO 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66...
一、基因组大小 (1)人类基因组主要由细胞核的23对染色体组成(核基因组),还包括线粒体中的小DNA分子(线粒体基因组)。 (2)单倍体基因组大...
1、不同基因ID转换 1.1 org.Hs.eg.db包 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 library(dplyr) library(org.Hs.eg.db) keytypes(org.Hs.eg.db) # [1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID" # [7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL"...
生存分析(survival analysis)的主要目的是发现与患者生存事件相关的指标因素,例如年龄性别、基因表达/突变等。如下学习相关基础知...
RNA-seq数据比对流程主要分为三步(1)整理数据;(2)质控;(3)比对。其中每一步都涉及到若干软件的用法,如下简单整理基本的分析流程。...