AD星形胶质细胞与小胶质细胞的snRNA-seq数据分析
AD星形胶质细胞与小胶质细胞的snRNA-seq数据分析 Diverse human astrocyte and microglial transcriptional responses to Alzheimer’s pathology Acta Neuropathologica (2022) 143:75–91 IF=17 https://doi.org/10.1007/s00401-021-02372-6 1、测序样本 24...
文献
文献_挖掘AD单细胞数据分析NK浸润
Expression of Immune Related Genes and Possible Regulatory Mechanisms in Alzheimer’s Disease doi: 10.3389/fimmu.2021.768966 05 November 2021 核心结论：AD病人外周血中的NK细胞浸润到大脑中参与AD病理过程的免疫反应。 1、公共数...
AD空间转录组
Spatial Transcriptomics and In Situ Sequencing to Study Alzheimer’s Disease Cell. 2020 Aug 20 | IF=41.5 DOI: 10.1016/j.cell.2020.06.038 这是关于AD的第一次空间转录组学的相关研究。如下为该文章中涉及空间转录组分析部分的简要笔记，具体可参看原...
网药_四逆散_非酒精性脂肪肝
Network Pharmacology-Based Analysis on the Potential Biological Mechanisms of Sinisan Against Non-Alcoholic Fatty Liver Disease（四逆散–非酒精性脂肪肝） 27 August 2021 Front Pharmacol, IF=5.8 DOI: 10.3389/fphar.2021.693701 分析思路 文章的流程图 1、数据收集 1.1 TCM数据...
基于PPI网络的靶点群距离预测药物组合
Network-based prediction of drug combinations Nature communication 2019 / 03 IF=15 https://doi.org/10.1038/s41467-019-09186-x 文章使用数据 1、PPI high-quality protein-protein interactions (PPIs) 原文说有243,603 PPIs connecting 16,677 unique proteins ，但是根据文章附件链接只有217160 PPIs, 涉及15970...
矩阵相似性计算样本通路一致性
本次的两篇文章属于同一团队，第一篇文章侧重提出计算方法；第二篇文章侧重于应用方法，发现生物学规律 Paper1：提出方法 SIGN: similarity identification in gene expression Bioinformatics 2019 / 2 IF...
从相关性网络中鉴定节点间直接关系
1、算法简介 1.1 关系拆解 通过计算方法( 例如相关性Pearson correlation, 互信息mutual information等)构建的相互关系网络中，节点两两之间...
基于通路富集的药物重定向(以AD药物为例)
（1）Computational Drug Repurposing for Alzheimer’s Disease Using Risk Genes From GWAS and Single-Cell RNA Sequencing Studies https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2021.617537/full Front Pharmacol， 2021/06， IF 5.81 （2）gene...
基于药物干扰转录组建立距离网络用于药物重定向
Discovery of drug mode of action and drug repositioning from transcriptional responses August 2, 2010 | PNAS | IF=11.2 10.1073/pnas.1000138107 1、合并PRL cMap 1309种化合物作用于5种细胞系的6100个干扰转录组的差异基因结果。对于同一种种化...