Refgenie下载参考基因组
refgenie：参考基因组（阿拉丁）商店 http://refgenie.databio.org/ Here we provide a web interface and a RESTful API to access genome assets for popular reference genome assemblies. 该平台由位于弗吉尼亚大学公共卫生基因组学中心的计算生物学和...
多组学
STRINGdb包下载蛋白PPI数据
1 2 3 4 5 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("STRINGdb") library(STRINGdb) 1、定义要使用的STRING版本、物种，以及PPI阈值分数 1 2 3 4 string_db <- STRINGdb$new(version="11", species=9606, score_threshold=200, input_directory="") 2、示例基因 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12...
TCGA的SNV数据下载与maftools可视化
1、TCGAbiolinks下载数据 使用TCGAbiolinks下载特定肿瘤类型的SNV数据 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/mutation.html 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23...
UCSCXenaShiny包肿瘤数据分析可视化
UCSCXenaShiny是基于集成了多种肿瘤数据库的UCSCXena平台，进行数据下载、分析、可视化的Shiny工具（以及同名R包），由上...
UCSCXenaShiny V2简要教程
Github仓库：https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny Online App：https://shiny.z...