单细胞分析工具--cellranger
单细胞转录组测序技术历经10余年的发展，目前以高通量的Droplet技术广为应用。其中以10X Genomics公司开发的实验及分析系统最为流...
单细胞分析
单细胞分析工具--Seurat4基础流程
1 2 3 4 5 6 packageVersion("Seurat") # [1] ‘4.0.6’ library(Seurat) library(tidyverse) library(ggplot2) library(clustree) 0、导入数据方式 （1）cellranger比对结果 对每个测序样本数据经cellranger上游比对，...
单细胞分析工具--CellChat细胞通讯分析
主要参考资料： 1、https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/sqjin/CellC...
单细胞分析工具--pySCENIC转录因子分析
SCENIC全称Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering，即转录因子分析，用于构建GRN，gene regulatory network基因调控网络。2...
单细胞分析工具--Palantir轨迹分析
Paper：https://www.nature.com/articles/s41587-019-0068-4 github：https://...
使用Seurat包分析空间转录组数据
单细胞数据分析常用的Seurat包也集成了空间转录组的分析流程。 https://satijalab.org/seurat/articles/...
单细胞分析工具--hdWGCNA共表达网络
WGCNA是适用于大批量样本的array或者Bulk RNAseq数据的加权基因共表达网络分析。由于单细胞数据的稀疏性，不适用于WGCNA直接...
单细胞分析工具--ECAUGT提取hECA数据
基于先前的hECA文献笔记，学习使用python工具ECAUGHT高效提取特定类型的人类单细胞图谱数据。值得注意的是hECA对不同来源数据集...
单细胞分析工具--细胞周期分析
A cell cycle is a series of events that takes place in a cell as it grows and divides.即描述细胞生长、分裂整个过程中细胞变化过程。最重要的两个特点就是DNA复制、分裂成两个一...
单细胞分析工具--多样本批次校正
当分析多个样本的单细胞数据集时，其中重要的一步是判断并校正潜在的批次效应。如下简单学习两种单细胞批次效应分析方法，分别基于Seurat与ha...