📖 R&Python&Shell --- 编程基础、可视化等

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R基础配置

1、R镜像设置（1）临时设置，重启R之后会重置 1 2 3 4 options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/") options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos options()$BioC_mirror （2）通过设置.Rprofile文件永久设置 linux 1 2 3 4 5 6 7 #进入家目录 cd...

R语言的多线程循环语句

在遇到R里的大量循环操作时，可以考虑多线程处理方式，提高分析速度。具体使用方法针对window与linux/mac平台有所区别。相关笔记如下...

R-数据分析-dplyr表格操作

1 2 3 4 5 6 7 8 9 library(tidyverse) # -- Attaching packages ----------------------------------------------------- tidyverse 1.3.1 -- # √ ggplot2 3.3.5 √ purrr 0.3.4 # √ tibble 3.1.2 √ dplyr 1.0.7 # √ tidyr 1.1.3 √ stringr 1.4.0 # √ readr 2.0.0 √ forcats 0.5.1 # -- Conflicts -------------------------------------------------------- tidyverse_conflicts() -- # x dplyr::filter() masks stats::filter() # x dplyr::lag() masks stats::lag() 1、表格筛选 1.1 select...

R-数据分析-reshape2表格长短转换

1 2 library(tidyverse) library(reshape2) 1、matrix 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 set.seed(123) scores_mt = matrix(round(rnorm(40, mean = 80, sd=10)), nrow = 10, ncol = 4, dimnames = list(paste0("Stu",1:10), paste0("Subject-",LETTERS[1:4]))) class(scores_mt) # [1] "matrix" "array" head(scores_mt) # Subject-A Subject-B Subject-C Subject-D # Stu1 74 92 69 84 # Stu2 78 84 78 77 # Stu3 96 84 70...

R-可视化-ggplot2绘图基础

ggplot2包一方面可以实现多种形式的数据可视化、比如箱图、柱状图等；另一方面也可以从多个角度进行美化、修饰。对于前者，之前对ggplot...

R-可视化-ggpubr包快速绘制点图、线图与柱状图

参考教程：http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready...

R-可视化-拼图patchwork

一、ggplot2组图 0、安装包及示例图 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # #install.packages("devtools") # devtools::install_github("thomasp85/patchwork") library(ggplot2) library(patchwork) p1 <- ggplot(mtcars) + geom_point(aes(mpg, disp)) p2 <- ggplot(mtcars) + geom_boxplot(aes(gear, disp, group = gear)) p3 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(gear)) + facet_wrap(~cyl) p4 <- ggplot(mtcars) + geom_bar(aes(carb)) p5 <- ggplot(mtcars) + geom_violin(aes(cyl, mpg, group...

R-可视化-韦恩图venn

示例数据 3个基因集列表，为list格式 1 2 3 4 5 genes <- paste0("gene",1:1000) set.seed(20210302) gene_list <- list(A = sample(genes,100), B = sample(genes,200), C = sample(genes,300)) 一、VennDiagram VennDiagram包是绘制韦恩图...

R-可视化-ggplot+ggpubr绘制箱图boxplot

一、ggplot绘制基础箱图 0、示例数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 library(ggplot2) library(patchwork) #组别名最好是字符型；如果是数值类型，最好转为因子化 ToothGrowth$dose = factor(ToothGrowth$dose) summary(ToothGrowth) # len supp dose #...