1、shell脚本

1.1 脚本执行

  • （1）命令行直接执行

    如下示例：脚本第一行设置脚本解释器的路径，如写错或没写，系统会调用默认解释器执行。然后在运行脚本时，需要先赋予可执行权限。（下同）

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cat > test.sh
#!/bin/bash
echo "Hello World!"


chmod u+x test.sh
./test.sh
# Hello World!
  • （2）bash命令执行
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cat > test.sh
echo "Hello World!"


bash ./test.sh
# Hello World!

1.2 脚本传参

  • $0 脚本名
  • $1 第一个参数
  • $2 第二个参数…
  • $@ 全部参数
  • $# 输入参数个数
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cat > plus.sh
num1=$1
num2=$2
echo "${num1}+${num2}" | bc

bash ./plus.sh 1 2

2、python脚本

2.1 脚本执行

  • （1）命令行直接执行
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cat > test.py
#!/usr/bin/python
print("Hello World!")


chmod u+x test.py
./test.py
  • （2）python命令执行
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cat > test.py
print("Hello world")


python test.py

2.2 脚本传参 | sys模块

  • 一般使用sys模块传参,储存在sys.argv列表里，第0个元素表示脚本名，第一个元素表示第一个参数..
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cat > test.py
import sys
num1 = sys.argv[1]
num2 = sys.argv[2]
print(int(num1) + int(num2))

python test.py 1 2

2.3 脚本传参 | argparse模块

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import argparse

# 创建 ArgumentParser 对象
parser = argparse.ArgumentParser(description="A script to train a model and save the results.")

# 添加参数
parser.add_argument(
    "-s",           # 短选项（简洁）
    "--save_dir",   # 长选项（容易理解）
    type=str,
    default='path/to/there',
    required=True,
    help="The directory to save the trained model and the results.",
)
parser.add_argument("--eval_interval", type=int, default=1) #一般最常用形式
parser.add_argument("--pos_embed", type=bool, default=True, 
                    help='Using Gene2vec encoding or not.')

# 解析命令行参数
args = parser.parse_args()

# 使用参数
SAVE_DIR = args.save_dir

长选项参数中间如果存在连字符-，在参数解析时，会自动替换为下划线_

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python script.py --save_dir "path/to/dir"

python script.py -h
  • action="store_true" if the option is specified, assign the value True to args.params. Not specifying it implies False.
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import argparse
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("--verbose", help="increase output verbosity",
                    action="store_true")
args = parser.parse_args()
if args.verbose:
    print("verbosity turned on")

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python prog.py --verbose  
# args.verbose → True

python prog.py
# args.verbose → False

3、R脚本

3.1 脚本执行

  • （1）命令行直接执行
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cat > test.r
#!/usr/bin/Rscript
print("Hello world")


chmod u+x test.r
./test.r
  • （2）Rscript命令执行
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cat > test.r
print("Hello world")


Rscript test.r

3.2 脚本传参

  • 使用commandArgs()函数传参
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cat > test.r
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
num1=args[1]
num2=args[2]
print(as.numeric(num1)+as.numeric(num2))

Rscript test.r 1 2

nohup后台运行，以python脚本为例：

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nohup python drug_fp.py 1> ./drug_fp.log 2>&1 &