1、shell脚本

1.1 脚本执行

  • （1）命令行直接执行

    如下示例：脚本第一行设置脚本解释器的路径，如写错或没写，系统会调用默认解释器执行。然后在运行脚本时，需要先赋予可执行权限。（下同）

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cat > test.sh
#!/bin/bash
echo "Hello World!"


chmod u+x test.sh
./test.sh
# Hello World!
  • （2）bash命令执行
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cat > test.sh
echo "Hello World!"


bash ./test.sh
# Hello World!

1.2 脚本传参

  • $0 脚本名
  • $1 第一个参数
  • $2 第二个参数…
  • $@ 全部参数
  • $# 输入参数个数
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cat > plus.sh
num1=$1
num2=$2
echo "${num1}+${num2}" | bc

bash ./plus.sh 1 2

2、python脚本

2.1 脚本执行

  • （1）命令行直接执行
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cat > test.py
#!/usr/bin/python
print("Hello World!")


chmod u+x test.py
./test.py
  • （2）python命令执行
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cat > test.py
print("Hello world")


python test.py

2.2 脚本传参

  • 一般使用sys模块传参,储存在sys.argv列表里，第0个元素表示脚本名，第一个元素表示第一个参数..
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cat > test.py
import sys
num1 = sys.argv[1]
num2 = sys.argv[2]
print(int(num1) + int(num2))

python test.py 1 2

3、R脚本

3.1 脚本执行

  • （1）命令行直接执行
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cat > test.r
#!/usr/bin/Rscript
print("Hello world")


chmod u+x test.r
./test.r
  • （2）Rscript命令执行
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cat > test.r
print("Hello world")


Rscript test.r

3.2 脚本传参

  • 使用commandArgs()函数传参
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cat > test.r
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
num1=args[1]
num2=args[2]
print(as.numeric(num1)+as.numeric(num2))

Rscript test.r 1 2

nohup后台运行，以python脚本为例：

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nohup python drug_fp.py 1> ./drug_fp.log 2>&1 &