WGCNA基因加权共表达网络分析
1、关于WGCNA原理 1.1 建立共表达网络 在基因共表达网络中，节点node代表基因，边edge代表两个基因间共表达关系。 若一个基因同时与多个基因...
📖 生信数据分析--分析流程，工具包等
GSVA包单样本富集分析
1、GSVA函数 1 2 3 4 5 6 7 # BiocManager::install("GSVA") library(GSVA) ?gsva gsva(expr = , #metrix格式表达矩阵(行--基因，列--样本) gset.idx.list = , #list格式基因集 method=c("gsva", "ssgsea", "zscore", "plage"), # defaul:gsva kcdf=c("Gaussian", "Poisson", "none"))...
xCell与CIBERSORT等免疫浸润分析
xCell xCell包 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 devtools::install_github('dviraran/xCell') library(xCell) data("xCell.data") ##查看支持的64种细胞类型，同下图 colnames(xCell.data$spill$K) ##预测函数的关键参数解释 ?xCellAnalysis() # expr = 交代表达矩阵； ##...
ClusterGVis包绘制基因表达矩阵热图
ClusterGVis包是中国药科大学Jun Zhang博士开发的系列可视化工具包之一，可以基因表达矩阵进行高级的热图可视化分析。如下根据其g...
survival包生存分析及glmnet包lasso回归
生存分析(survival analysis)的主要目的是发现与患者生存事件相关的指标因素，例如年龄性别、基因表达/突变等。如下学习相关基础知...
MuSiC包根据scRNAseq预测Bulk细胞组成
MuSiC(MUlti-Subject SIngle Cell deconvolution)是来自宾夕法尼亚大学Biostatistics, Epidemiology and Informatics系的Mingyao Li课题组于2...
从RNAseq的fastq.gz提取表达矩阵
RNA-seq数据比对流程主要分为三步（1）整理数据；（2）质控；（3）比对。其中每一步都涉及到若干软件的用法，如下简单整理基本的分析流程。...
生信相关网站数据库集锦
1、HPA HPA：the Human Protein Atlas，由2003年来自瑞典的科研机构发起，旨在绘制综合性人类蛋白质图谱。 https://www.proteinatlas.org/ 蛋白质表达数据库，常见用途包括：...
TCGA的SNV数据下载与maftools可视化
1、TCGAbiolinks下载数据 使用TCGAbiolinks下载特定肿瘤类型的SNV数据 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/mutation.html 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23...
肿瘤亚型分群工具ConsensusClusterPlus
ConsensusClusterPlus包是肿瘤分型研究的常用工具，其于2010年发表于Bioinformatics。 Paper：https...