从GEO下载芯片或RNAseq测序数据
挖掘GEO数据时，主要一方面是下载GEO的测序数据（包括基因芯片array与RNAseq两类）的表达矩阵。同时会涉及到一些细节问题，例如ar...
📖 生信数据分析--分析流程，工具包等
下载测序数据SRR与fastq.gz方式
1、准备conda环境与软件 1 2 3 4 5 6 7 8 # 准备download环境 conda create -n download conda activate download # 安装软件 conda install -c hcc aspera-cli conda install -c bioconda sra-tools conda install -c conda-forge pigz 以SRR1391...
Refgenie下载参考基因组
refgenie：参考基因组（阿拉丁）商店 http://refgenie.databio.org/ Here we provide a web interface and a RESTful API to access genome assets for popular reference genome assemblies. 该平台由位于弗吉尼亚大学公共卫生基因组学中心的计算生物学和...
STRINGdb包下载蛋白PPI数据
1 2 3 4 5 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("STRINGdb") library(STRINGdb) 1、定义要使用的STRING版本、物种，以及PPI阈值分数 1 2 3 4 string_db <- STRINGdb$new(version="11", species=9606, score_threshold=200, input_directory="") 2、示例基因 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12...
使用clusterProfiler下载GO&KEGG通路基因
1、GO 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66...
人类基因组基础知识与下载查询
一、基因组大小 （1）人类基因组主要由细胞核的23对染色体组成(核基因组)，还包括线粒体中的小DNA分子(线粒体基因组)。 （2）单倍体基因组大...
基因-蛋白-化合物ID转换
1、不同基因ID转换 1.1 org.Hs.eg.db包 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 library(dplyr) library(org.Hs.eg.db) keytypes(org.Hs.eg.db) # [1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID" # [7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL"...
GSEA富集分析工具
以前通路富集分析直接使用clusterprofiler包，阅读文献发现GSEA分析及可视化较多使用Broad团队研发的工具，现简要学习其(w...
clusterProfiler包富集分析与可视化
1、背景知识 （1）两种富集分析 基于超几何检验的ORA(over representation analysis)富集分析 ① 假设对转录组分组测序的10000个基因表达数据进...
富集通路可视化方式
0、示例数据 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) data(geneList, package="DOSE") str(geneList) # Named num [1:12495] 4.57 4.51 4.42 4.14 3.88 ... # - attr(*, "names")= chr [1:12495] "4312" "8318" "10874" "55143" ... gene_ids<-AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, keys=as.character(names(gene_list)), columns="SYMBOL", #目标格式 keytype="ENTREZID")...