单细胞分析工具--sccode综合差异分析
scCODE( single-cell consensus optimization of differentially expressed gene detection)是由复旦大学附属金山医院邹欣等人开发的R包工具，于2022年12月发表于Briefing in Bioinfo...
📖 生信数据分析--分析流程，工具包等
单细胞分析工具--ShinyCell交互式展示单细胞数据
ShinyCell包是由杜克-新加坡国立大学医学院的John F. Ouyang团队开发的单细胞分析工具包，实现基于shiny网页交互式展示单细胞...
单细胞分析工具--Seurat5基础用法
Seurat V5版本有一段时间了，由于时间原因未来得及了解。现根据其官方文档简单整理其用法，与V4比较类似的地方就不多叙述了。此外，V5的亮点之一还在...
单细胞分析工具--CELLxGENE数据库
网站：https://cellxgene.cziscience.com/ API：https://chanzuckerberg.github....
单细胞分析工具--scVI去除批次效应
scVI (single-cell variational inference)是2018年发表的一项单细胞分析工具。它主要基于VAE变分自编码器的思想，计算去除批次效应后的细胞低维空间表示。而...
单细胞分析工具--sccoda细胞组成比较
scCODA(single-cell compositional data analysis)是由德国环境健康研究中心计算生物学研究所M Büttner等人基于python开发的单细胞数据分析工具，于2021年1...
单细胞分析工具--COSG鉴定marker基因
COSG(COSine similarity-based marker Gene identification)是由来自哈佛医学院和Broad研究所博后Ming Dai等人开发，旨在从余弦相似度的角度鉴定cluste...
差异分析R包-DESeq2+edgeR+limma
在对转录组数据分析时，分组比较的差异分析前提时获得测序表达矩阵。 根据测序技术分为两种，对应的分析R包如下所示。 RNAseq的原始count表...
TCGAbiolinks包-TCGA数据下载与差异分析
TCGAbiolinks包是一站式分析TCGA数据的R包工具，它集成了TCGA数据下载、分析、可视化的全部流程。此次系列笔记主要跟着 TCGA...
表达矩阵TPM,FPKM标准化
1、计算公式 sample 1 sample 2 …….. sample k Gene 1 10 12 30 Gene 2 20 25 60 …… … … … … Gene n 0 0 … 1 对于(n*k)表达矩阵中k个样本的n个基因的count表达数据。 在任意样...