数据库--药物与药物靶点TTD
1、TTD数据库简介 首先关于靶点的生物学定义是： 生物学靶点（英語：Biological target）是指位于生物体内，能够被其他物质（配体、...
📖 生信数据分析--分析流程，工具包等
CMap数据库整理与使用方法
Cmap LINCS计划采用L1000技术进行大规模的细胞系干扰实验测序，得到差异基因。具体可分为Phase-1，Phase-2两个阶段。数据已整理...
MsigDB基因集数据库
官方介绍：https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/ 下载界面：http://www.gsea-msig...
重启随机游走算法与RandomWalkRestartMH包
1、关于RWR 1.1 算法简介 Random Walk with Restart，RWR重启随机游走算法 在给定的一个由节点和边组成的网络结构中（下面均已PPI蛋白相互作用网络为...
使用igraph包进行网络结构分析与可视化
1、创建与查看igraph对象 1.1 示例数据 igraph包提供了很多创建igraph对象的函数与思路。这里采用常用的基于data.frame的格...
obabel化学小分子格式转换
conda 安装 1 2 3 4 conda install -c conda-forge openbabel obabel # Open Babel 3.1.0 -- Nov 2 2021 -- 08:43:45 查看支持的格式 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 obabel -L # charges # descriptors # fingerprints # forcefields # formats # loaders # ops obabel -L formats | head...
化合物指纹与描述符生成系列工具
1、rdkit 1 2 3 4 5 6 # conda install -c conda-forge rdkit from rdkit import Chem from rdkit.Chem import MACCSkeys from rdkit import DataStructs from rdkit.Chem import Draw 1.1 指纹编码式 （1）Topological Fingerprints 1 2 3 4 5 6 7 8 m = Chem.MolFromSmiles('CCOC') # Chem.MolToSmiles(mol) fp...
化合物敏感度数据库GDSC_CTRL
一、GDSC GDSC : https://www.cancerrxgene.org/，已上传至阿里云盘 1、原始数据整理 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16...
ChemmineR处理化合物信息的基础工具R包
ChemmineR是使用R语言实现化合物基础操作的工具包，现根据其官方文档学习其主要用法如下： https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ChemmineR/inst/doc/ChemmineR.html 1 2 3 4 5 6 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ChemmineR") library("ChemmineR") # library("ChemmineOB") 1. SDFset格...
深度学习D2L--01--线性回归
深度学习组成要素 线性回归可以认为是最简单的一层深度神经网络 一、从零实现 1 2 3 import numpy as np import torch import random 1、示例数据 模拟样本特征与标签数据，并分成小批量...