conda开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题。在做生信分析时，感觉就是一个软件管家一样的存在，在安装生信软件等方面上十分方便。下面小结一下conda的基础操作
- 后面介绍的所有
conda命令都可以替换为如下的mamba命令，从而实现高速的下载等操作
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conda install -c conda-forge mamba
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1、下载、安装miniconda包#
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wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 开始安装，过程中根据提示回车或者yes就行了~
# source ~/.bashrc
# 配置国内镜像源，提高以后下载软件速度
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --get #查看已设置的channels
# 如果想要删除某镜像源
# conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
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如果出现conda命令找不到的情况，可按下法操作。不过现在安装，好像一般都会自动添加了。
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cat ~/.bashrc
#此时应该没有miniconda的路径
nano ~/.bashrc #将下面一行代码输入到最后
echo ‘export PATH=“home/user/miniconda3/bin:$PATH”’ >> ~/.bashrc
#保存退出
cat ~/.bashrc
#此时应该是修改好的版本了
source ~/.bashrc
#更新一下，然后下面的操作就可以顺利进行了。
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2、环境管理#
类似Linux系统是一个大庭院，我们专门为做一件事情（需要一系列软件）而设置的一个房间（环境），这样就会使这个大庭院干净利落很多，不会很乱。做一件事，到相应的房间（conda环境）去使用软件就行。这些软件的命令都是可以直接使用的，这就很方便了
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#创建一个名为rna-seq的环境
conda create -n rna-seq
#进入该环境，此时可以看到命令行提示符前缀已经发生了变化
conda activate rna-seq
#退出环境
conda deactivate
#查看系统有哪些环境（房间）
conda info --envs
#删除名字为name的环境
conda remove -n name --all
#环境重命名：先复制改名，再删除旧的
conda create -n newname --clone oldname
conda remove -n oldname --all
#复制环境到新电脑
## 先进入目标环境
conda activate myconda
## 然后生成yaml文件
conda env export > myconda.yaml
## 传递该yaml文件到目标电脑，再安装即可
conda env create -f myconda.yaml
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3、下载、管理软件#
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#搜索软件
conda search fastqc
#下载软件，
## -y 参数表自动安装
## -c 指定软件下载的channal源
conda install -c bioconda fastqc -y
#下载指定版本的软件
conda install -c bioconda fastqc=0.11.7
#查看当前环境下的所有软件
conda list
#卸载软件
conda remove fastqc -y
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4、安装R包#
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mamba install -c r r-base
mamba install -c r r-essentials
mamba install -c r r-ggplot2
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安装r-base之后，就可以进入R环境，使用R的命令安装包。
（1）有时R的命令安装不了的包，使用conda可以安装成功。
（2）但是conda安装包的版本往往具有滞后性
- Bioconductor的生信包：
bioconductor-package；不区分大小写
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mamba install -c r bioconductor-deseq2 bioconductor-edger
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#单独创建一个rstudio环境
conda activate rstudio
#这一步会默认安装最新版的R(>4.0)
mamba install -c r r-essentials r-base
#首先会默认安装1.0版本的rstudio，会自动把r降到3.2的版本
conda install -c r rstudio
#然后再指定升级rstudio至1.1.456版本，会自动把r升到3.6的版本
conda install -c r rstudio=1.1.456
#启动rstudio界面
rstudio
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安装rstudio时并没有使用mamba安装，因为失败了。使用conda安装，也需要等待较长时间，甚至多试几次。但最终还是可以滴。
- 关于设置R包下载镜像地址：https://www.jianshu.com/p/9940fb1864c3
