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📖 生信数据分析--分析流程,工具包等

conda环境下载管理软件、R包

conda开源包管理系统和环境管理系统 ,包括多种语言的包安装,运行,更新,删除,最重要的是可以解决包依赖问题。在做生信分析时,感觉就是一个软...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 2136 | 5 min | Lishensuo

服务器外网文件传输--奶牛快传、阿里云盘

1、奶牛快传 (1) linux服务器安装 https://github.com/Mikubill/cowtransfer-uploader/releases 选择一个最新的linux版本下载(如果wget下载太慢,就下载的本地电脑,再上传到linux) 解压即用 1...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 753 | 2 min | Lishensuo

单细胞分析工具--cellranger

单细胞转录组测序技术历经10余年的发展,目前以高通量的Droplet技术广为应用。其中以10X Genomics公司开发的实验及分析系统最为流...

Create: 2022-05-24 | Update: 2023-01-25 | Words: 1522 | 4 min | Lishensuo

单细胞分析工具--Seurat4基础流程

1 2 3 4 5 6 packageVersion("Seurat") # [1] ‘4.0.6’ library(Seurat) library(tidyverse) library(ggplot2) library(clustree) 0、导入数据方式 (1)cellranger比对结果 对每个测序样本数据经cellranger上游比对,...

Create: 2022-04-16 | Update: 2023-01-12 | Words: 2304 | 5 min | Lishensuo

单细胞分析工具--monocle轨迹分析

一、monocle 参考教程/笔记 (1)http://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 2709 | 6 min | Lishensuo

单细胞分析工具--CellChat细胞通讯分析

主要参考资料: 1、https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/sqjin/CellC...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 5037 | 11 min | Lishensuo

单细胞分析工具--pySCENIC转录因子分析

SCENIC全称Single-Cell rEgulatory Network Inference and Clustering,即转录因子分析,用于构建GRN,gene regulatory network基因调控网络。2...

Create: 2022-04-16 | Update: 2022-04-16 | Words: 2838 | 6 min | Lishensuo

单细胞分析工具--Palantir轨迹分析

Paper:https://www.nature.com/articles/s41587-019-0068-4 github:https://...

Create: 2023-01-12 | Update: 2023-01-12 | Words: 1146 | 3 min | Lishensuo

使用Seurat包分析空间转录组数据

单细胞数据分析常用的Seurat包也集成了空间转录组的分析流程。 https://satijalab.org/seurat/articles/...

Create: 2022-06-05 | Update: 2022-06-05 | Words: 1831 | 4 min | Lishensuo

单细胞分析工具--hdWGCNA共表达网络

WGCNA是适用于大批量样本的array或者Bulk RNAseq数据的加权基因共表达网络分析。由于单细胞数据的稀疏性,不适用于WGCNA直接...

Create: 2022-07-07 | Update: 2022-07-07 | Words: 1850 | 4 min | Lishensuo
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