题目：Single-cell analyses of renal cell cancers reveal insights into tumor microenvironment, cell of origin, and therapy response
期刊 | 日期：PNAS | May 5, 2021
DOI：https://doi.org/10.1073/pnas.2103240118
概述：这篇文章来自密歇根大学Arul M. Chinnaiyan的研究团队，该研究对正常肾组织与肾细胞组织进行了单细胞测序，对RCC相关的肿瘤细胞来源、免疫微环境组成以及免疫治疗标志物进行了解读。单细胞数据已上传至GEO（GSE159115：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE159115）
1、初步概括分析
1.1 癌旁组织
- 7个样本，6046个细胞
- 3大类细胞类型
- 上皮细胞Epithelial，12 subtypes
- 内皮细胞Endothelial，5 subtypes
- 基质细胞 Stromal，2 subtypes
- 免疫细胞 Immune，5 subtypes
- 上皮细胞中包括3类Proximal tubule (PT) cells：PT-A, PT-B, PT-C
- 差异特征分析
- 轨迹分析(Slingshot)
1.2 肿瘤组织
- ccRCC：7个样本，20500个细胞
- chRCC：1个样本，2500个细胞
- 3大类细胞类型：Tumor，Immune，Endo/vSMC
2、肿瘤细胞分析
2.1 肿瘤来源细胞预测
- 使用癌旁组织的12种上皮细胞类型表达数据建立随机森林模型，预测未知样本对于这些细胞类型的可能性；
- 先使用来自TCGA的已知测序部位的正常癌旁组织数据进行模型验证；
- 再对RCC的单细胞数据等预测肿瘤细胞的来源细胞类型，结果指向了PT-B
2.2 肿瘤细胞特征分析
- 对RCC的tumor细胞与癌旁的PT-B与PT-C分别进行差异基因分析
- 结合通路富集分析，从oxidative phosphorylation氧化磷酸化、免疫/炎症通路进一步说明PT-B与肿瘤的相似性；
- 通过配受体基因对分析，发现肿瘤细胞类型与其它细胞类型的通讯关系
3、其它细胞类型分析
3.1 髓系免疫细胞
- 在ccRCC中分成3类髓系细胞：单核细胞Monocyte，树突细胞Dendritic，巨噬细胞Macrophage
- 在两亚类巨噬细胞中进行差异分析、通路分析以及marker基因生存分析
3.2 内皮细胞
- 在ccRCC与癌旁中鉴定出6类亚群，并进行差异特征基因分析
文章最后结合了Bulk样本的免疫治疗相关数据，发现了若干与免疫治疗/生存预后相关的基因或者细胞类型(CD8 T)。由于该部分数据以及前文提到的外显子数据目前还未公开，暂不记录。