单细胞分析工具--Seurat5基础用法
Seurat V5版本有一段时间了，由于时间原因未来得及了解。现根据其官方文档简单整理其用法，与V4比较类似的地方就不多叙述了。此外，V5的亮点之一还在于单细胞多组学的整合分析，此次就不做记录了。（PS：中秋快乐~） ...
ScRNA-Seq
单细胞分析工具--CELLxGENE数据库
网站：https://cellxgene.cziscience.com/ API：https://chanzuckerberg.github.io/cellxgene-census/ ...
单细胞分析工具--scVI去除批次效应
scVI (single-cell variational inference)是2018年发表的一项单细胞分析工具。它主要基于VAE变分自编码器的思想，计算去除批次效应后的细胞低维空间表示。而后于2022年被整合到单细胞组学分析工具包scvi-tool中。 ...
单细胞分析工具--sccoda细胞组成比较
scCODA(single-cell compositional data analysis)是由德国环境健康研究中心计算生物学研究所M Büttner等人基于python开发的单细胞数据分析工具，于2021年11月发表于Nature Communication；主要用于分析不同分组样本的细胞组成的差异。参考官方文档记录用法如下。 ...
单细胞分析工具--COSG鉴定marker基因
COSG(COSine similarity-based marker Gene identification)是由来自哈佛医学院和Broad研究所博后Ming Dai等人开发，旨在从余弦相似度的角度鉴定cluster的marker gene，于2021年12月被Briefings in Bioinformatics接收。目前已将此方法分别包装为R包与Python包，分别对应Seurat与Scanny分析流程。 ...