ScRNA-Seq

单细胞分析工具--多样本批次校正

当分析多个样本的单细胞数据集时，其中重要的一步是判断并校正潜在的批次效应。如下简单学习两种单细胞批次效应分析方法，分别基于Seurat与harmony包。 ...

单细胞分析工具--SingleCellExperiment对象格式

SingleCellExperiment是通过SingleCellExperiment包创建的单细胞数据分析对象，已有几十个单细胞R包支持。其衍生自SummarizedExperiment，之前在GEO数据挖掘学习时，了解过相关知识，主要是assay与pData两个函数的使用。 ...

单细胞分析工具--infercnv拷贝数变异鉴定

inferCNV包可根据肿瘤组织相关的单细胞表达数据，推测肿瘤细胞的拷贝数变异情况，从而完成恶性细胞的鉴定。 1 2 3 BiocManager::install("infercnv") library(infercnv) # 暂时在window安装出现点问题，目前在linux使用conda安装、学习。 ...

单细胞分析工具--scanpy基础用法(anndata,loom格式)

scanpy是单细胞数据分析的python工具包，将数据以Anndata对象的格式进行储存。如下将学习Anndata对象操作以及scanpy分析的基础用法。 ...

单细胞分析工具--SingleR细胞类型注释

SingleR包是在单细胞数据分析时用于细胞类型自动注释的常用工具。其基本原理是使用已有细胞标签的参考转录组数据集的表达谱，基于相似性原则注释未知单细胞数据的细胞类型。 ...

单细胞分析工具--RNAvelocity速率分析

RNA velocity(RNA速率)分析是基于单细胞转录组测序数据分析细胞发育状态动力学的方法。简单来说，该模型根据测序read片段属于unspliced pre-mrna以及spliced mature mrna的比例推测单细胞的发育轨迹。高比例的unspliced pre-mrna的占比越高，velocity速率越大，表明在之后阶段中将产生高表达趋势。 ...

单细胞分析工具--CytoTRACE轨迹分析

CytoTRACE是根据单细胞表达矩阵推断细胞分化轨迹的工具，目前提供网页端与R包两种形式。如下。简单学习其R包用法。官方手册：https://cytotrace.stanford.edu/ 发表论文：DOI: 10.1126/science.aax0249 1、安装R包根据官方手册，需要手动R包文件，自行安装。如下笔记在Linux的R环境中进行学习。 ...

单细胞分析工具--cellphonedb细胞通讯分析

cellphonedb是基于配受体对表达水平，分析单细胞数据中不同细胞类型间相互作用的Python工具。其于2020年在nature protocols发表，目前工具包版本以更新到3.1.0，配受体数据库已更新到4版本。如下将简单学习该软件的用法及结果可视化方法。 ...

单细胞分析工具--DoubletFinder识别双细胞

R包DoubletFinder可用于检测基于Droplet单细胞测序技术(10X)的双细胞。如下简单学习识别原理以用法。原始论文：https://doi.org/10.1016/j.cels.2019.03.003 官方手册：https://github.com/chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder 视频教程：https://www.youtube.com/watch?v=NqvAS4HgmrE 1 2 remotes::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') library(DoubletFinder) Bug in Seurat v4: could not find function “paramSweep_v3” https://github.com/chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder/issues/184 ...

单细胞分析工具--MAST差异基因分析

MAST，全称Model-based Analysis of Single-cell Transcriptomics，是2015年于Genome Biology发表的R包工具，主要用于单细胞数据的差异表达分析。参看官方教程，简单记录用法如下。 ...