Linux

conda开源包管理系统和环境管理系统 ，包括多种语言的包安装，运行，更新，删除，最重要的是可以解决包依赖问题。在做生信分析时，感觉就是一个软件管家一样的存在，在安装生信软件等方面上十分方便。下面小结一下conda的基础操作 ...

1、奶牛快传 (1) linux服务器安装 https://github.com/Mikubill/cowtransfer-uploader/releases 选择一个最新的linux版本下载（如果wget下载太慢，就下载的本地电脑，再上传到linux） 解压即用 1 2 3 wget https://github.com/Mikubill/cowtransfer-uploader/releases/download/v0.4.21/cowtransfer-uploader_0.4.21_linux_amd64.tar.gz tar -zxvf cowtransfer-uploader_0.4.21_linux_amd64.tar.gz ./cowtransfer-uploader #查看帮助文档 (2) 将本地文件上传到服务器 进入https://cowtransfer.com/，上传本地文件，获取下载链接 ...

1 2 3 4 5 6 7 8 test="https://www.baidu.com" #打印字符串内容 echo ${test} #https://www.baidu.com #打印字符串长度 echo ${#test} #21 1、截取 （1）指定截取字符串的起始位置与长度 对于字符串的起始位置定义：如果是从左到右，则第一个字符位置为0； 如果是从右到左，则第一个字符位置为1。 ...

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 # 第一个参数交待查找路径，默认为当前路径 # -name 参数指定需要查找的文件名，支持正则表达式 find -name '*.txt' find ./dir1/ -name '*.txt' # -maxdepth 指定查找的最大目录层级深度 find -maxdepth 2 -name '*.txt' # -type d 表示查找目录类型 # -type f 表示查找文件类型 find -type f -name '*.txt' # 查找指定大小范围的文件；如下表示查找大小范围在50M~100M范围之间的文件 find -size +50M -size -100M # 找到文件后，执行一些命令操作 ## 查看找到文件的详细信息 find -name '*.txt' -exec ls -l {} \; ## 返回找到文件的文件名（去除路径） find -name '*.txt' -exec basename {} \;

tar相关 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 #(1) 将多个文件打包为 .tar文件 tar -cvf test.tar dir1 file4 #(2) 将多个文件打包并压缩为 .tar.gz tar -czvf test.tar.gz dir1 file4 #(3) 将 .tar文件拆包 tar -xvf test.tar #(4) 将 .tar.gz文件解压拆包 tar -xzvf test.tar.gz gzip压缩是的文件多为file.gz, 对应的linux命令为： ...

1、grep 主要功能：查询符合条件的行 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 #返回符合条件的行,可使用正则表达式 who | grep "wuyt" # -n参数：返回符合条件的行，及其在原文件中的位置 who | grep -n "wuyt" # -c参数：仅返回符合条件的行数 who | grep -c "wuyt" # -v参数：反选 who | grep -v "wuyt" # -E参数：符合多个条件之一 who | grep -E "wuyt|ssli" 2、sed 主要功能：增删改查 （1）删除 ...

1、关于CPU与线程 1.1 简单理解进程与线程 进程：计算机执行的一个命令或者程序 线程：一般来说一个进程对应一个线程。但是如果进程任务可以分为若干独立子任务独立运行时，可以调用多线程，加快分析速度。 1.2 cpu与核数 CPU(Central Processing Unit)中央处理器，属于硬件。一般window笔记本电脑有一个CPU(physical cpu) 核心（core），又称为内核。一个CPU芯片可以物理技术上集成多个内核，每个内核可以独立运行一个线程，最大化利用CPU资源。 逻辑CPU数，是指通过虚拟化技术每个内核划分为两个虚拟(logical)CPU内核，可以理解为每个内核的超线程数，一般为2。目前window/linux系统都支持。 总逻辑CPU数=物理CPU数 × 每个CPU芯片上的集成内核数 × 每个内核的超线程数 ...

现阶段在学习深度学习超参数优化过程中涉及到SLURM相关知识。这几天探索了一番，简单记录一下目前简单认识。 SLURM，Simple Linux Utility for Resource Management的缩写，是一个开源、容错、高度可扩展的集群管理和作业调度系统。 ...

https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/tutorial.html https://github.com/snakemake/snakemake 1. 简介 1.1 工具介绍 Snakemake 是一个用于创建可重现、模块化、自动化的工作流管理工具，主要用于处理复杂的数据分析流程；在生物信息学领域中有较多的应用。 ...

简单背景知识 挂载(mount) = 把一个存储设备（如硬盘、U盘， 通常在/dev/下面）连接到系统的某个目录，让用户可以通过这个目录访问设备内容。 /dev/sda :第一个被识别的磁盘（通常是主硬盘）, 常作为系统盘； /dev/sdb: 第二个被识别的磁盘（通常是U盘或外接盘）,常作为移动设备。 可有多个分区，将一块磁盘逻辑上划分为多个块 例如/dev/sdb1, /dev/sdb2 常用命令 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 # 示磁盘、分区、挂载点的树状结构 lsblk -f # 查看所有挂载设备的空间使用情况 df -h # 创建挂载点目录 sudo mkdir -p /media/user/usb1 # 创建挂载点目录 sudo mount /dev/sdb1 /media/user/usb1 # 卸载分区（安全弹出U盘） sudo umount /media/user/usb1 # 或者根据设备路径 sudo umount /dev/sdb1