📖 生信数据分析--分析流程，工具包等

机器学习基于R(0)--mlr3基本流程 V2

https://mlr3book.mlr-org.com/ 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 library(mlr3verse) library(tidyverse) tsks() #预置数据任务 lrns() #机器学习算法 msrs() #性能评价指标 as.data.table() 1. Task 任务 https://mlr3book.mlr-org.com/chapters/chapter2/data_and_basic_modeling.html 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 tsk() #预置数据任务 as.data.table(tsk()) tsk("mtcars") #自定义任务 tsk_mtcars = as_task_regr(mtcars, target = "mpg", id = "cars") #target参数指定标签列，id参数（可选）设置任务名 as_task_classif() #支持对任务对象进行数据查看、修改等操作，不一一列举，详见上述链接 #有两点需要重点说明 tsk_mtcars$row_ids #不等于一般的行序号。一旦定义任务，row_ids就确定不变了，可以理解为row name。方便后续数据分割。 tsk_mtcars_another = tsk_mtcars$clone() #想要独立的复制任务时，需要使用clone() 对于分类任务基本类似。值得注意的是在二分类问题时，需要进一步指定阳性标签 ...

机器学习基于R(0)--mlr3基本流程

1 2 library(mlr3verse) library(tidyverse) 1、Task训练数据与目的 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 ## 分类任务 task_classif = as_task_classif(data, target = "col_target") #根据预测结果又可分为：twoclass二分类, multiclass多分类 ## 回归任务 task_regr = as_task_regr(data, target = "col_target") task$ncol task$nrow task$feature_names task$feature_types task$target_names task$task_type task$data() task$col_roles 2、Learner 机器学习算法 mlr3learners包提供了基本的机器学习算法（如下图） https://github.com/mlr-org/mlr3learners ...

机器学习基于R包mlr3(1)--分类--KNN

KNN–K近邻 1、KNN的步骤（1）计算输入数据与训练数据的距离（一般欧几里得距离）；（2）从训练集中，选取距离输入数据点最近的k个数据；（3）对于分类任务【常见】，取这k个训练数据类别的众数；对于回归任务，取这k个训练数据值的平均数。特点（1）如上步骤，KNN没有模型训练的过程。需要预测数据时，直接与训练数据集进行计算即可。（2）KNN算法中最重要的超参数就是K的选择，会在下面具体操作中介绍。（3）因为需要计算距离，所以需要进行数值变量标准化，以及类别变量转化（如果有分类变量的话）。（4）KNN在数据量小或者维度较小的情况下效果很好，但不适用于大规模的数据（计算量大）。关于距离，欧几里得距离，归一化（中心化） ...

机器学习基于R包mlr3(2)--分类--逻辑回归.md

1、逻辑回归的算法理解逻辑回归 = 线性回归 + Sigmoid函数 ...

机器学习基于R包mlr3(3)--分类--LDA与QDA

1、概述 LDA与QDA可以简单理解为有监督的降维，将多个预测变量信息压缩成少数（类别数-1）新的预测变量。每一个新的预测变量称之为判别函数，由所有原始变量的线性组合。 ...

机器学习基于R包mlr3(4)--分类--朴素贝叶斯

1、朴素贝叶斯简介 Naive Bayes：预测样本属于每一类别的概率，取概率最高的类别。包含四个概念：后验概率、似然、先验概率以及全概率。如下图示例 ...

机器学习基于R包mlr3(5)--分类--SVM

1、SVM相关基本概念超平面：比数据集的变量少一个维度的平面，也称为决策边界；间隔：（对于硬间隔）训练数据中最接近决策边界的样本点与决策边界之间的距离；支持向量：（对于硬间隔）接触间隔边界的数据样本，它们是支持超平面的位置。（对于软间隔）间隔内的样本点也属于支持向量，因为移动它们也会改变超平面的位置。如下图所示，SVM算法将寻找一个最优的线性超平面进行分类。 ...

机器学习基于R包mlr3(6)--分类--决策树与随机森林

1、决策树基础 1.1 决策树的构成（1）决策树由节点组成，可分为决策节点(Decision tree)与叶节点(leaf node)。（2）从上到下的第一个节点也称为根节点(Root Node)。根节点到叶节点的最长距离称为树的深度。 ...

机器学习基于R包mlr3(8)--回归--线性回归

1、关于线性回归 1.1 公式理解由于实际问题很少遇到单变量线性回归，所以更常见的表示为通用线性模型： $$ y = \beta_0 + \beta_1x_1 + \beta_2x_2 + …+\beta_kx_k + \epsilon $$ （1）β0表示截距，即所有预测变量取0时的值； ...

机器学习基于R包mlr3(9)--回归--GAM非线性回归

1、关于GAM非线性回归 (1) n阶多项式如前所说，线性回归的假设是每个预测变量与输出变量之间为线性相关。即类似 y = ax + b。当预测变量与输出变量之间为非线性相关，即呈曲线特征时，可尝试使用高阶多项式进行拟合。 $$ y = \beta_0 + \beta_1x + \beta_2x^2 + …+\beta_nx^n + \varepsilon $$ ...