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📖 生信数据分析--分析流程,工具包等

Faiss向量数据库相似搜索

Faiss (Facebook AI Similarity Search) 是一个用于高效相似向量搜索的库,特别适合处理大规模向量数据。 它的核心功能是给定一个向量数据库,为当前的query vector(s) 寻找Top-K个相似向量。 此外也支持KNN聚类,PCA降维,数据量化等模块。 官方文档:https://github.com/facebookresearch/faiss/wiki 1 2 3 4 5 # 安装方式: 一个环境不能同时安装cpu与gpu两个版本 pip install faiss-cpu pip install faiss-gpu # 下面以cpu版本为例 1. 相似Top-K查找 Faiss通过构建一个Index(索引)对象,用于建立可实现快速相似搜索的数据结构。 ...

Create:&nbsp;<span title='2025-04-18 00:00:00 +0000 UTC'>2025-04-18</span>&nbsp;|&nbsp;Update:&nbsp;2025-04-18&nbsp;|&nbsp;Words:&nbsp;1420&nbsp;|&nbsp;3 min&nbsp;|&nbsp;Lishensuo

图神经网络DGL-01-DGL基础

homogeneous graph : 一种节点,一种边 heterogeneous graph: 多种节点,多种边 bipartite graph : 两种节点,一种边 1、DGLgraph结构 1.1 同构图 Cora论文关系图–同构图(homogeneous) ...

Create:&nbsp;<span title='2022-07-31 00:00:00 +0000 UTC'>2022-07-31</span>&nbsp;|&nbsp;Update:&nbsp;2022-07-31&nbsp;|&nbsp;Words:&nbsp;1335&nbsp;|&nbsp;3 min&nbsp;|&nbsp;Lishensuo

图神经网络DGL-02同构图_节点分类

1 2 3 4 5 6 7 8 import dgl import dgl.nn as dglnn import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F import numpy as np 0、预测任务与数据 预测论文属于哪一种类别,即为多分类问题 ...

Create:&nbsp;<span title='2022-08-28 00:00:00 +0000 UTC'>2022-08-28</span>&nbsp;|&nbsp;Update:&nbsp;2022-08-28&nbsp;|&nbsp;Words:&nbsp;1690&nbsp;|&nbsp;4 min&nbsp;|&nbsp;Lishensuo

图神经网络DGL-03同构图_边回归

(1)边回归问题,对图中已存在的边的定量(回归)/定性(分类),结合训练得到的边的embedding做GNN神经网络预测。 (2)边的embedding通常由两端节点计算而得,常采用点积或者拼接的方式。而节点embedding的更新同前。 ...

Create:&nbsp;<span title='2022-08-28 00:00:00 +0000 UTC'>2022-08-28</span>&nbsp;|&nbsp;Update:&nbsp;2022-08-28&nbsp;|&nbsp;Words:&nbsp;2076&nbsp;|&nbsp;5 min&nbsp;|&nbsp;Lishensuo

图神经网络DGL-03同构图_边预测

边的预测问题即预测两个节点间是否可能存在边,可以视为二分类问题。 在训练时,首先同样要先更新节点信息,然后计算边的特征— 将图中已知存在的边作为阳性边,标签为1 随机抽取图中不存在边的两节点组成的边作为阴性边,标签为0 0、预测数据与任务 假设100个药物两两之间已知存在1000个相互作用,药物节点有50个特征。 ...

Create:&nbsp;<span title='2022-08-28 00:00:00 +0000 UTC'>2022-08-28</span>&nbsp;|&nbsp;Update:&nbsp;2022-08-28&nbsp;|&nbsp;Words:&nbsp;2082&nbsp;|&nbsp;5 min&nbsp;|&nbsp;Lishensuo
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