标题 CELLPLM: PRE-TRAINING OF CELL LANGUAGE MODEL BEYOND SINGLE CELLS https://openreview.net/forum?id=BKXvPDekud 发表 ICLR (The International Conference on Learning Representations) 2024 通讯 Jiliang Tang | Computer science and engineering department | Michigan State University | https://www.cse.msu.edu/~tangjili/ 1. 简介 （1）scRNA-seq data与natural language的区别 ...
Transfer learning enables predictions in network biology | Nature https://doi.org/10.1038/s41586-023-06139-9 Received: March 2022 / Accepted: 27 April 2023 Data & Code: https://huggingface.co/ctheodoris 通讯作者：Patrick T. Ellinor, M.D., Ph.D. https://www.ellinorlab.org/team/ ...
GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model Cell research | 2024.10 https://doi.org/10.1038/s41422-024-01034-y https://github.com/xCompass-AI/GeneCompass (最后)通讯作者 Xin Li ...
Quantized multi-task learning for context-specific representations of gene network dynamics 2024.8.19, bioRxiv 【预印本】 https://doi.org/10.1101/2024.08.16.608180 通讯作者：Christina Theodoris （2021 Geneformer的一作，现在应该是独立的PI了） https://gladstone.org/people/christina-theodoris ...
Elucidating the coordination of RNA processing using short-read and long-read RNA-sequencing methods 使用短读长和长读长 RNA 测序方法阐明 RNA 加工的协调性 创建：2025-12-12 | 神经蛙的藏宝阁 时间：06 October 2025 期刊：Nature Reviews Molecular Cell Biology Tip：文章的概念很多，但是没有做过多介绍，所以该文包含了一些背景介绍以及我个人的理解。 ...
Benchmarking algorithms for generalizable single-cell perturbation response prediction 11 December 2025, Nature Methods https://doi.org/10.1038/s41592-025-02980-0 https://github.com/bm2-lab/scPerturBench/ 1. 介绍 背景 单细胞CRISPR实验成本高； 目前两类预测模型：context generalization & perturbation generalization Foundation model v.s. linear baseline model 如何合理的评价模型的预测能力 ...
Single cell and spatial alternative splicing analysis with Nanopore long read sequencing 利用纳米孔长读长测序进行单细胞和空间可变剪接分析 创建：2026-01-08 | 神经蛙的藏宝阁 时间：19 July 2025 期刊：Nature Communications Tip：文章的概念很多，但是没有做过多介绍，所以该文包含了一些背景介绍以及我个人的理解。 ...
标题 Nicheformer: a foundation model for single-cell and spatial omics https://doi.org/10.1038/s41592-025-02814-z 发表 nature methods, 2025年10月 通讯 Fabian J. Theis Github：https://github.com/theislab/nicheformer ...
前列腺癌（Prostate cancer, PCa）肿瘤生物学基础的学习笔记 课程链接：https://www.bilibili.com/video/BV1Dj411R73C 1. 生物基础 1.1 前列腺癌 前列腺 (Prostate) 一种男性的腺体器官，核桃大小，位于膀胱下方； (1) 防止尿路感染；(2) 产生的Prostate Specific Antigen (PSA, 前列腺特异性抗原) 蛋白酶可以帮助液化精液 （与勃起、生殖无关）。 良性前列腺增生 (Benign Prostatic Hyperplasia, BPH) 随着年龄增长而表现出的前列腺增大，导致排尿困难； 它不是前列腺癌的诱发因素。 前列腺癌(Prostate Cancer, PCa) （1）发病率 ...