📖 科研基础 -- 读文献、看教材

文献--单细胞组学大模型之CellPLM

标题 CELLPLM: PRE-TRAINING OF CELL LANGUAGE MODEL BEYOND SINGLE CELLS https://openreview.net/forum?id=BKXvPDekud 发表 ICLR (The International Conference on Learning Representations) 2024 通讯 Jiliang Tang | Computer science and engineering department | Michigan State University | https://www.cse.msu.edu/~tangjili/ 1. 简介（1）scRNA-seq data与natural language的区别 ...

文献--单细胞组学大模型之Geneformer

Transfer learning enables predictions in network biology | Nature https://doi.org/10.1038/s41586-023-06139-9 Received: March 2022 / Accepted: 27 April 2023 Data & Code: https://huggingface.co/ctheodoris 通讯作者：Patrick T. Ellinor, M.D., Ph.D. https://www.ellinorlab.org/team/ 1. 预训练模型 1.1 scRNA-seq数据数据收集：Genecorpus-30M ...

文献--单细胞组学大模型之Genecompass

GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model Cell research | 2024.10 https://doi.org/10.1038/s41422-024-01034-y https://github.com/xCompass-AI/GeneCompass (最后)通讯作者 Xin Li 0. 模型预训练 0.1 数据规模初始收集126M，经QC后，101M细胞用于训练(53M 人源 / 48M鼠源) [详见原文/Table S1， PS: 觉得其中一个描述有点问题] ...

文献--单细胞组学大模型之Geneformer V2[预印本]

Quantized multi-task learning for context-specific representations of gene network dynamics 2024.8.19, bioRxiv 【预印本】 https://doi.org/10.1101/2024.08.16.608180 通讯作者：Christina Theodoris （2021 Geneformer的一作，现在应该是独立的PI了） https://gladstone.org/people/christina-theodoris 背景知识算法角度 ...

文献--前列腺癌基础学习

前列腺癌（Prostate cancer, PCa）肿瘤生物学基础的学习笔记课程链接：https://www.bilibili.com/video/BV1Dj411R73C 1. 生物基础 1.1 前列腺癌前列腺 (Prostate) 一种男性的腺体器官，核桃大小，位于膀胱下方； (1) 防止尿路感染；(2) 产生的Prostate Specific Antigen (PSA, 前列腺特异性抗原) 蛋白酶可以帮助液化精液（与勃起、生殖无关）。良性前列腺增生 (Benign Prostatic Hyperplasia, BPH) 随着年龄增长而表现出的前列腺增大，导致排尿困难；它不是前列腺癌的诱发因素。前列腺癌(Prostate Cancer, PCa) （1）发病率 ...