Comprehensive analysis of spatial architecture in primary liver cancer Sci Adv. 2021 Dec 17 Doi: 10.1126/sciadv.abg3750. 简单摘要: 这是一篇资源型的文章，应该是第一篇较大规模的肝癌空间转录组测序文献。基于ST的所包含的空间信息，本文进行多种新颖的分析思路，例如leading-edge section区域的特征，空间相邻的细胞通讯分析，肿瘤中心与四周的通路表达差异等。文章分析的角度涉及很多方面，但具体每个角度来说大多以数据分析结果描述为主。 ...
【01】ccRCC与免疫浸润 标题：Landscape of immune cell infiltration in clear cell renal cell carcinoma to aid immunotherapy 期刊|日期：Cancer Science | 13 March 2021 1 第一次分亚群 TCGA 525样本（TPM） 29个 imunne signature：16 免疫细胞与13个免疫相关功能 使用ssGSEA方法计算每个样本的signature score 基于signature score，使用ConsensuClusterPlus包分得5个亚群 PCA可视化轮廓 PD-1与PD-L1表达差异 C1+C4与C2+C3+C5间生存差异 2 第二次分亚群 两大组之间（C1+C4与C2+C3+C5）进行差异分析，得到658个差异基因 基于上述差异基因，再次使用ConsensuClusterPlus包重新分成3个亚群 PCA可视化轮廓 PD-1与PD-L1表达差异 三组间生存分析 29种signature score在三组间的分布差异 immune score与stromal score在三组间的分布差异（ESTIMATE） 根据与分组的相关性，将上述差异基因分成signature A/B 通路富集分析 3 TII分数及衍生分析 分别计算signatue A/B的第一主成分之和，然后相减作为每个样本的TII score 根据survmier包计算最佳阈值划分成high与low score两组，并进行一系列后续分析： （1）生存分析 ...
题目：Single-cell analyses of renal cell cancers reveal insights into tumor microenvironment, cell of origin, and therapy response 期刊 | 日期：PNAS | May 5, 2021 DOI：https://doi.org/10.1073/pnas.2103240118 ...
题目：Transcriptomic atlas and interaction networks of brain cells in mouse CNS demyelination and remyelination 期刊|日期：Cell Report | April 2023 DOI：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2023.112293 ...
题目：Pan-cancer T cell atlas links a cellular stress response state to immunotherapy resistance 期刊|日期：nature medicine | 26 April 2023 DOI：https://doi.org/10.1038/s41591-023-02371-y ...
题目：The potential crosstalk between tumor and plasma cells and its association with clinical outcome and immunotherapy response in bladder cancer 期刊|日期：Journal of Translational Medicine | 03 May 2023 DOI：https://doi.org/10.1186/s12967-023-04151-1 这篇文章讨论了浆细胞在膀胱癌免疫微环境的所扮演的作用。相比于传统肿瘤预后类文章，觉得有如下几方面新意： ...
题目：In Silico Prediction and Insights Into the Structural Basis of Drug Induced Nephrotoxicity 期刊 | 日期：05 January 2022 DOI: 10.3389/fphar.2021.793332 简括：建立机器学习模型的经典流程，值得注意的是包括化合物特征提取，模型建立/评价都是在online chemical database and modeling environment (OCHEM)平台完成的。文章建立的模型也上传到该平台中：https://ochem.eu/article/140251 ...
题目：In silico prediction of potential drug-induced nephrotoxicity with machine learning methods 期刊 | 日期 ： Journal of Applied Toxicology | 11 April 2022 简介：标准的机器学习模型分析流程，从数据收集到数据整理，从训练模型到评价模型。 1、数据收集 1.1 标签数据 （1）从SIDER、DrugBank、ChEMBL以及TCM@taiwan等4个数据库收集了1366个标签化合物 ...
文献： scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI 时间：2024 Feb. (Published) 期刊：Nature Method DOI：https://doi.org/10.1038/s41592-024-02201-0 ...
标题: scBERT as a large-scale pretrained deep language model for cell type annotation of single-cell RNA-seq data 期刊|日期：nature machine intelligence, 2022/09 DOI：https://doi.org/10.1038/s42256-022-00534-z ...