文献--综合多种分析建立TNBC预后模型
A network approach reveals driver genes associated with survival of patients with triple-negative breast cancer April 19, 2021; IF=5.4 https://doi.org/10.1016/j.isci.2021.102451 ...
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文献--四逆散与非酒精性脂肪肝网药分析
Network Pharmacology-Based Analysis on the Potential Biological Mechanisms of Sinisan Against Non-Alcoholic Fatty Liver Disease（四逆散–非酒精性脂肪肝） 27 August 2021 Front Pharmacol, IF=5.8 DOI: 10.3389/fphar.2021.693701 分析思路 文章的流程图 1、数据收集 1.1 TCM数据 四味中药：柴胡、白芍、枳实、甘草 ...
基于PPI网络的靶点群距离预测药物组合
Network-based prediction of drug combinations Nature communication 2019 / 03 IF=15 https://doi.org/10.1038/s41467-019-09186-x 文章使用数据 1、PPI high-quality protein-protein interactions (PPIs) ...
矩阵相似性计算样本通路一致性
本次的两篇文章属于同一团队，第一篇文章侧重提出计算方法；第二篇文章侧重于应用方法，发现生物学规律 Paper1：提出方法 SIGN: similarity identification in gene expression Bioinformatics 2019 / 2 IF = 7 ...
文献--从相关性网络中鉴定节点间的直接调控关系
1、算法简介 1.1 关系拆解 通过计算方法( 例如相关性Pearson correlation, 互信息mutual information等)构建的相互关系网络中，节点两两之间的关系通常包括直接关系与间接关系两部分，即如下图所示Total = Direct + Indirect ...
文献--基于通路富集的药物重定向(以AD药物为例)
（1）Computational Drug Repurposing for Alzheimer’s Disease Using Risk Genes From GWAS and Single-Cell RNA Sequencing Studies https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2021.617537/full Front Pharmacol， 2021/06， IF 5.81 （2）gene2drug: a computational tool for pathway-based rational drug repositioning ...
文献--基于药物干扰转录组建立距离网络用于药物重定向
Discovery of drug mode of action and drug repositioning from transcriptional responses August 2, 2010 | PNAS | IF=11.2 10.1073/pnas.1000138107 ...
文献--synergyfinder包计算协同评价指标
DrugCombDB: a comprehensive database of drug combinations toward the discovery of combinatorial therapy Nucleic Acids Research | 2020 | IF=17 1、数据收集 （1）HTS(high-throughput screening)高通量筛选技术可用于快速测得药物作用于癌症细胞系的不同剂量(dose concentrations)下的反应(Response)。其中，反应(Response)的指标常是细胞活力(cell viability)。 ...
文献--32种乳腺癌细胞系单细胞转录组图谱
A single-cell analysis of breast cancer cell lines to study tumour heterogeneity and drug response Nature Communications | 31 March 2022 DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-022-29358-6 ...
文献--乳腺癌单细胞转录组图谱
A single-cell and spatially resolved atlas of human breast cancers NatGenet. 2021 September ...